یکی دیگر از خلافهای عثمان آنست که چندین مصحف قرآن را سوزانید و یکی از آنها را به نام مصحف زید بن ثابت باقی گذارد.
ابن ابی الحدید در شرح نهج البلاغه این موضوع را به عنوان یکی از طعنهای بر عثمان نقل کرده است.
شیخ محمد نصرتآبادی آقای بابویهی این موضوعی را که شما نسبت به عثمان میدهید، امر بسیار مهمی است زیرا سوانیدن قرآن جنایت بزرگ و توهین عظیمی به قرآن کریم میباشد، آقای بابویهی درست است که عثمان مرد باتقوی و پرهیزکاری نبوده، ولی من باور نمیکنم تا این اندازه هتاک بوده که کتاب خدا را آتش زده باشد، از شما تمنّا میکنم بحث امروز را تعطیل کنید تا من این مسأله را با استادم در میان بگذارم و روز آینده جواب ایشان را به عرضتان میرسانم.
بابویهی: آقای نصرتآبادی موضوع سوزاندن قرآن را من به عثمان نسبت ندادهام بلکه علماء خودتان آن را ثبت کردهاند، ولی چون شما اطمینان پیدا نمیکنید مگر آنکه از استاد خود بشنوید من مجلس را همینجا خاتمه میدهم، تا شما آن را با استادتان در میان بگذارید. آقایان مجلس را ترک کرده و رفتند.
بابویهی: روز دوشنبه 25 ذیحجه برابر با 11 مهر مجدداً مجلس بحث منعقد و آقایان وارد شدند، نخست آقای نصرتآبادی رو به اینجانب کرده گفتند آقای بابویهی من خدمت استادم رسیدم و موضوع یاد شده را با ایشان در میان گذاشتم، استاد به من گفتند: اصل سوزاندن قرآن ثابت است و مورخین ما آن را نوشتهاند، ولی علماء ما از این عمل عثمان جواب دادهاند، سپس به من سفارش کرد که به آقای بابویهی بگو: در ذیل همین طعنی که از نهج البلاغه نقل کردهاید جواب آن نوشته شده است چرا شما طعن را نقل کردهاید ولی از جواب آن نامی نبردهاید.
آقای بابویهی من از شما استدعا دارم امورات را مجمل نگذارید، تمام اطراف و جوانب آن را زیر نظر بگیرید و طوری برای ما بیان کنید که مطلبی ساقط نشود و چیزی از قلم نیفتد.
بابویهی: آقای نصرتآبادی آن عبارتی را که استاد شما دیده است منهم آن را دیدهام، ولی آنچه را که استاد شما، جواب پنداشته است، خیال محض میباشد، زیرا آن جواب از همان تأویلها و بافتههائیست که کراراً برایتان بیان مینمودم، آقای نصرتآبادی برای آنکه صددرصد به گفتار اینجانب مطمئن شوید، متن عبارت ابن ابی الحدید را (از طعن و جواب) برایتان میآورم تا خودتان ببینید که با این عبارت پردازیها و ماستمالیها نمیتوان حق را پوشانید و یک امر خلافی را تبدیل به مشروع نمود.